大眾桑塔納作為一款代代相傳的車系，變速箱也經歷過了幾次蛻變。

大眾新桑塔納使用6速Tiptronic自動變速箱，是由日本愛信變速箱制造公司提供，這款變速箱最大特點是應用廣泛、質量穩定、技術可靠、皮實耐用、換擋平順、傳動效率高，能完全滿足了日常駕駛的需要。不過新桑塔納的這款手自一體變速器的手動部分被閹割了，只留下了運動模式選擇，盡管如此，這款變速器絕對算得上同級優秀產品了。

而年代久遠的大眾老桑塔納3000配備了01N型自動變速器，該款變速器是一種4速全電控自動變速器，其液力變矩器具有鎖止功能，01N型自動變速器結構緊湊、布局合理且傳動效率高。變速器的殼體為整體式，內部結構包括行星齒輪、閥體、離合器及制動器等。