摩托車合格證丟了可以補辦，合格證丟失之后一般是車主與經銷商聯系，經銷商再和廠家聯系，然后通過車輛的相關信息廠家就會對合格證進行補發，但是摩托車合格證丟了第一時間是去開證明，流程是到丟失所在地的公安部門進行報案處理，然后公安機關就會給你開具合格證丟失證明。

補辦并拿到合格證之后，車主需要認真核對合格證上的發動機號和車架號和車輛的信息是否一致，如果出錯了不一致也相當于合格證是沒用的，合格證號可能會和之前的合格證號不同，這就需要經銷商重新開具銷售發票了，如果車主已經交了車輛的購置稅，還要辦理相關的變更手續。

摩托車合格證最大的作用就是證明你的車輛出廠時經過相關檢驗并且是合格的，上牌的時候需要用到合格證，合格證上面記錄了摩托車的車架號、發動機號等關于車輛的詳細信息，如果車輛在使用的過程中出現任何問題，車主都可以持合格證向廠家所要賠償。