根據規定，摩托車都必須繳納車船稅，因此125排量摩托車應繳納車船費。納稅人購買機動車交通事故強制保險，應當代扣代繳車船稅。不需要購買機動車交通事故強制保險的應稅摩托車，由摩托車的使用人或主管人，在年度終了后15日內向當地主管稅務機關申報繳納。

摩托車車船稅的稅額從36元到180元不等，車主可參照當地車船稅征收辦法。如果車主未按照規定及時繳納車船稅，則需要額外支付稅收滯納金，這將會影響車輛年檢，造成一定程度上的影響。車船稅是指對應當在公安、農業、漁業、軍事等行政部門登記的車船，而征收的一種財產稅。根據車船種類的不同，使用不同的規定計算稅款的依據和年度納稅標準。

2018年8月1日，對符合標準的新能源車船免征車船稅，對部分達到一定條件的節能車，減半征收車船稅。對以車輛或船只為特征的車輛或船的所有人或管理人征收的稅款，適用的稅額應根據車船稅項目和納稅時間表執行。主管機關可以根據實際情況，在規定的稅目和納稅范圍內劃分分項，并規定車輛的分項和納稅范圍以及船舶的具體適用稅。車輛的具體適用稅額，由省級別的人民政府在規定的分項范圍內確定。