如果車輛被套牌違章了，可以在12123APP中進行申訴。

具體操作步驟為：登錄個人賬號后，找到“待處理違法”選項，并點擊需要申訴的違章記錄。

在申訴頁面，選擇“無法排除被盜搶、套牌或異地盜搶可能”，并提交相應證據，例如車輛報案的相關證明文件、登記證書、行駛證和身份證等。

然后等待交警部門審核，并根據審核結果做出進一步的處理。如果車主認為處理結果不公正，還可以繼續向上級機關申訴。

需要注意的是，在進行申訴時，應當提供充分和準確的證據，以確保舉證材料真實有效。

除了以上提到的申訴方式，車主還可以采取以下措施來降低被套牌的可能性。

第一步：定期查看車輛違章記錄

通過交通管理部門提供的網絡服務、手機應用程序等途徑，車主可以定期查詢車輛的違章記錄，并及時核實情況。

第二步：遺失或盜竊車牌應及時登記備案

如果車主遺失或發現車牌被盜，應立即前往公安機關交通管理部門登記備案。這樣可以避免車牌被他人惡意使用，造成不必要的麻煩和損失。

第三步：為車輛外觀做特殊標記

車主可以在車輛外觀上貼上特殊標記，例如車身貼紙、特殊顏色等。這樣可以使車輛與其他車輛區分開來，從而減少被套牌的概率。