當摩托車脫審兩年后，需要進行一系列的處理，否則將面臨注銷車輛檔案等問題。首先，需要了解新辦法規定，在摩托車使用年限超過10年之后，每年都需要上線年檢1次，這意味著摩托車主需要更加注意年檢時間，以免忽略。另外，年審前需查詢違章記錄，若存在違章行為，則需要盡快處理，否則無法參加車輛年檢。

在摩托車脫審后，如果脫審時間在三個月以內，需要到車管所補審。但如果脫審時間超過兩年，則會被直接注銷車輛檔案，并需要繳納罰款。因此，摩托車主應該盡早進行年審，避免長時間未審查導致的麻煩和費用。

摩托車使用年限不得超過13年，過期駕駛可能會對自身安全造成威脅，建議及時進行注銷報廢處理。在摩托車脫審后，車主應把摩托車交給廢棄摩托車回收拆解企業進行拆解銷毀，企業按規定做好登記、拆解和銷毀，并將相關證件交給交管部門注銷。