在車管所進行車輛上牌時，合格證會被放入車輛的檔案中進行存檔備案，上完牌后并不會再歸還給車主。除了合格證外，車輛檔案里還保存著其他一些重要的資料證件，如檢測報告單、購置稅完稅證明、購車發票、保險單以及車主身份證復印件等。這些文件一同保存在檔案里，起到了記錄和備查的作用。

那么，為什么合格證不會歸還給車主呢？這涉及到合格證的另一個重要作用——它可以作為貸款買車的抵押品。如果選擇在4S店貸款購車，車輛實際上是給到了車主手中，但合格證并不在車主手上，而是由貸款機構保管。只有當車主還清車貸后，貸款機構才會將合格證歸還給車主，并在車管所進行登記狀態的更新。這時，車管所會要求車主交還合格證進行存檔備案。

抵押合格證貸款雖然便利，但也存在一定風險。貸款買車的流程大致是車主將合格證抵押給銀行獲得車款，銀行再將車款打給4S店來填補所有欠下的車款。如果某家4S店銷量情況良好，流程通常會比較順暢。然而，如果4S店經營不善，例如出現季度積壓無法銷售的情況，整個流程就會受到影響。

長期的資金斷流可能導致4S店陷入財政危機，甚至有些4S店老板選擇逃離債務。這樣一來，部分在該4S店抵押貸款購車的車主可能無法取回自己的合格證。

特別需要注意的是，如果車主在提車時沒有拿到合格證，可能是因為經銷商尚未取回合格證，或者是經銷商將車輛抵押貸款，需要從銀行贖回合格證。如果經銷商拒絕提供合格證，車主有權要求解除銷售合同并獲得相應的賠償。