保險公司不全賠醫藥費可能是因為以下幾個原因：

（1）最高賠付限額：我們都知道，出現事故時，保險公司是在賠償的責任限額內進行賠償的，超出部分就不再承擔賠償責任。所以說，如果保險公司不全賠醫藥費，有可能就是因為這筆賠償費用超出了保險公司的賠償限額了，保險公司就只負責限額內的賠償，超出部分保險公司也就不承擔賠償了，只能由肇事車主自己承擔賠償責任。

（2）醫藥費中涉及自費藥：這里就要注意好了，無論是交強險還是商業險，雖然會賠償醫藥費，但也只是賠償社保目錄內住院費用，對于自費藥是一概不負責的。當然，如果車主有購買醫保外醫療費用責任險的話，那么保險公司就會賠付自費藥。不然，就只能由肇事方承擔這筆費用了。

（3）是否負全責：一般保險公司的賠償標準是，根據交警認定的被保險人所承擔的責任比例來算的。就比如，在一起事故中，經交警認定A承擔70%的責任，受害人B在此次治療中花費了68000元的醫藥費，交強險賠付了18000元后，剩下的40000元中，保險公司會再賠償40000×70%=28000元，至于剩下的就由受害人B承擔了。

（4）合同中有其他免賠條款：也就是指車主和保險公司在簽訂保險合同的時候，有一些具體的事項不包含在這個合同之中的，如果是這樣的話，保險公司也有權拒絕賠償。就比如，有些保險公司為了減輕理賠責任，會將非醫保用藥列為免責范圍內，那么在治療過程中，如果使用了非醫保藥物，這部分藥物的費用保險公司就不會賠償。這筆費用也就只能按照交警認定的責任，由雙方當事人按照責任自行承擔。

（5）出具的單據中存在無效單據：一般保險公司會對被保險人提交的索賠資料進行審核，如果發現在出具的單據中存在無效單據，被保險人無法舉證該單據合理性，保險公司就有權拒絕賠償該單據上的金額。這筆費用也就只能按照交警認定的責任，由雙方當事人按照責任自行承擔。