贛深高速鐵路全線共設14座車站，其中江西段4座、廣東段10座：贛州西站、信豐西站、龍南東站、定南南站、和平北站、龍川西站、河源北站、河源東站、博羅北站、惠州北站、仲愷站、東莞南站、光明城站、深圳北站。

贛深高鐵不會連到南昌，終點站是贛州西站，但是深圳也可以到南昌，因為在贛深高鐵開通之前，南昌就有了昌贛高鐵，所以南昌至贛州、贛州至深圳，等同于南昌至深圳，只是南昌要去深圳，就需要在贛州站換乘。

這條高鐵主要是為了拉動沿線城市的經濟發展，南昌本身是交通發達城市，所以無需再通行一條贛州至南昌的高鐵線路（已經有昌贛高鐵），贛深高鐵連接了廣東、江西的眾多城市，有利于拉動廣東、江西的經濟發展。線路途經江西省贛州市、廣東省河源市、惠州市、東莞市、深圳市。