飛機上面廁所里面的糞便都是直接排到飛機腹部的一個存儲箱里面的，而且飛機上面的廁所現在使用的都是真空的馬桶排放系統。乘客在使用了馬桶之后，馬桶會產生一種高壓的氣流。就會直接將所產生的這些糞便送到存儲箱里面去，在存儲箱里面還會添加一些除臭和分解的化學物質，可以對糞便進行初步的處理。

飛機上的糞便在存儲箱里面，等到飛機著陸之后，會有專門的地勤人員將飛機上面的這些糞便回收到處理車上，然后再進一步的處理。飛機上面的糞便存儲箱的開關閥門是在飛機機身的外部，這樣廁所的這些排泄物就只能在飛機著陸之后才能排出來，不會出現在半空中拋灑的情況，也不會有泄漏。

需要注意的是，想要在飛機上面上廁所，在飛機起飛和降落的時候廁所是不可以使用的，這個時候機組的乘務人員會直接將廁所關閉。因為在上升和降落的時候容易不穩定，上廁所是會有一定危險性的，可能會導致乘客出現摔倒的情況，所以為了避免有這樣的現象，這個時候不可以使用廁所。

飛機在飛行的時候，乘客如果使用廁所突然遇到氣流顛簸，飛機搖晃的比較劇烈，這個時候乘客可以扶住馬桶邊上的輔助手柄，這樣就可以很好的固定住自己，避免因為劇烈的晃動而摔倒受傷。