南京地鐵是可以使用支付寶的，不過需要先在支付寶上面開通乘車碼，具體操作的步驟如下：

1、打開手機上的支付寶軟件，進入到首頁面后，再去選擇出行。

2、進入出行頁面后，需要選擇左上角位置的城市，直接選擇南京。如果手機上有開通位置功能，系統就會自動定位。

3、當定位完成后，在頁面上就可以看到地鐵、公交等，直接選擇地鐵。

4、再去卡片下方位置選擇前往領取，然后根據具體的要求選擇協議，再去選擇同意協議并領卡。

5、接下來還要輸入支付密碼，身份驗證成功后，再去點擊立即使用，此時就可以看到已經生成好的地鐵乘車二維碼。

目前在南京乘坐地鐵出行，還可以使用小藍卡的。乘客在使用之前，需要先把自己手機里面的sim卡先去升級成為小藍卡，然后就可以直接通過手機刷卡的方式，順利乘坐地鐵、公交等交通工具出行。

手機sim卡升級小藍卡的流程如下：

1、先打開手機應用商場下載藍小寶app安裝完成，然后再去打開手機上的設備設置。

2、搜索nfc之后，再去選擇sim卡或者藍小寶，之后再去利用藍小寶app對公交卡進行充值。

3、目前支持的支付方式還是挺多的，比如微信或者支付寶等。等到充值完成后，只要把手機跟刷卡機靠近，就可以順利乘坐地鐵出行。