汽車自動空調和手動空調的區別是調節方式不同，手動空調需要用手動的方式去設置制冷熱的溫度以及出風的速度，空調會根據設置好的溫度持續工作。自動空調主要是通過設置溫度，需要和車內的傳感器一起作用，當溫度達到設置的溫度就會自動停止工作，溫度發生變化后再啟動。

汽車自動空調具備了先進的雙區獨立空調，可以對主駕駛以及副駕駛區域的溫度分開設定。同時跟手動空調對比起來更加經濟和省油，因為手動空調需要不斷通過人為的方式去調節到合適的溫度，自動空調只要達到設定的溫度就會停止工作。

從工作原理上來說，自動空調會更加復雜一點。主要的原理是空調的控制面板去接收各個傳感器、發動機電腦板發動機負荷、水溫等方面的信號，從而對空調的系統工作進行控制，同時包括對汽車內溫度的控制，以及風速控制等。