大眾新桑塔納變速箱目前看來還沒有太大的問題，只是偶爾會出現換擋邏輯不夠清晰?？梢栽?s店通過升級官方程序解決這個問題

大眾新桑塔納使用6速Tiptronic自動變速箱，是由日本愛信變速箱制造公司提供，這款變速箱最大特點是應用廣泛、質量穩定、技術可靠、皮實耐用、換擋平順、傳動效率高，能完全滿足了日常駕駛的需要。不過新桑塔納的這款手自一體變速器的手動部分被閹割了，只留下了運動模式選擇，盡管如此，這款變速器絕對算得上同級優秀產品了。所以新桑塔納變速箱也不像過去老桑普一樣被人詬病了。