大眾新桑塔納使用6速Tiptronic自動變速箱，是由日本愛信變速箱制造公司提供，這款變速箱最大特點是應用廣泛、質量穩定、技術可靠、皮實耐用、換擋平順、傳動效率高，能完全滿足了日常駕駛的需要。不過新桑塔納的這款手自一體變速器的手動部分被閹割了，只留下了運動模式選擇，盡管如此，這款變速器絕對算得上同級優秀產品了。

它除了具有自動變速箱的D、3、2擋位外，只要把排擋桿推入手動變速區域，即可以上下撥動完成進、退擋。此時駕駛員可以隨意選擇擋位，不受限于自動系統的自動擋位選擇，為了避免錯誤換擋所造成的發動機損傷，Tiptronic系統即使在手動模式下操作，若發動機轉速過高而駕駛員仍未換擋，電腦將適時介入執行換擋；相反，駕駛員在不適當的發動機轉速下換擋，電腦也會立刻作出判斷，避免對車造成損傷。