首先，如果公司車輛發生了違章行為，可以選擇在網上進行交罰款，也就是在最常使用的交管12123APP上進行違章處理。

你需要下載APP并登錄，然后將機動車與之綁定進行備案非本人機動車，并在APP上查詢非本人機動車的違章記錄。在未處理的違章列表中選擇需要處理的違章，點擊處理并繳款。最后，在支付頁面上選擇微信或支付寶繳納罰款金額，并輸入密碼以完成交易。

此外，你還可以前往車管所的違章窗口簽收罰款決定書，并在15天內繳納罰款。在此步驟中，別忘了攜帶駕駛車輛的行駛證、個人駕駛證和身份證，以免浪費時間。

關于查詢公司車輛違章的方式，您可以通過三種方式進行: 車管所的自助終端查詢、交通管理12123 APP綁定機動車后查詢，或者進入本站全國違章查詢入口并輸入相關信息即可查詢。

需要注意的是，如果要使用APP處理違章，你必須滿足以下條件：違反交通技術監控設備記錄, 且適用違章罰款不超過200元，待處理的交通違規得分, 以及當前記分總分之和未超過12分。

最后，讓我們來介紹一下公司車輛違章繳款截止時間的問題。如果你在現場被處罰，必須在15天內到指定地點繳納罰款；如果是電子違章，只需在確認違章信息后的15天內繳納罰款。需要注意的是，如果過期未繳納罰款，則每天要收取滯納金，數額為罰款金額×3%。

因此，總體而言，針對公司車輛違章，您可以通過交通管理12123 APP進行在線繳款，并選擇其他查詢方式進行查詢。同時，請根據實際情況及時繳納罰款以避免不必要的麻煩。