非醫保用藥保險公司是否應該賠付是要看具體情況的，如果保險公司可以證明受害人的非醫保用藥是屬于不合理不必要的開支，那么這種情況下保險公司是不會進行賠付的。而如果沒有直接證據能夠證明非醫保用藥不合理，那么這種情況一般是需要進行賠付的。

所謂的非醫保用藥，簡單來說，就是受害人在接受醫院治療的時候，使用了沒有被列入醫保用藥目錄的這些藥品，而醫保是不會對這些藥品進行報銷的。在交通事故里面比較常見的一些非醫保用藥，就是使用了進口的一些醫療器械用品。

大多數保險公司在簽訂保險合同的時候，都是會明確標注，保險人會按照國家的基本醫療保險的標準的核定交通事故中的醫療費用的賠償金額。不過在商業的三者險里面有附加的保外醫療費用責任險的情況下，保險公司是會對其進行賠付的。

另外需要注意的是，如果保險公司在銷售商業保險的過程中，并沒有提及關于非醫保用藥不報銷的條例或者是所提及的文字或言論，容易產生誤解的情況下，讓車主認為非醫保用藥可以賠付。那么這種情況一旦出現交通事故，保險公司不賠付，投保人是可以向人民法院提起訴訟的。不過這種情況提起訴訟會比較麻煩，而且很可能還需要支付訴訟費用。