當保險公司拒賠營運車輛停運費時，我們可以通過與保險公司溝通、與交警部門合作、通過法律途徑或購買特殊商業險來解決問題。每種方法都有其利弊，我們應根據具體情況選擇最適合自己的方式，最重要的是堅持維護自身合法權益。

首先，我們可以考慮與保險公司進行溝通和協商。通過私下談判，雙方可以就停運費的賠償問題進行討論。在此過程中，我們可以提供充分的證據，例如維修期間的誤工損失、貨物運輸的實際收入減少等，以證明停運費的合理性。同時，我們可以引用相關法規和合同條款，向保險公司解釋其賠償責任。

如果與保險公司的溝通沒有取得進展，我們可以尋求交警部門的幫助。交警部門可以介入處理事故責任的劃分，并促使保險公司重新考慮停運費的賠償問題。他們具備專業知識和經驗，能夠為雙方提供客觀的意見和建議。

然而，如果仍然無法解決爭議，我們可能需要考慮通過法律途徑解決問題。這將需要我們訴諸人民法院，尋求公正的裁決。在此過程中，我們需要準備好相關證據和文件，并雇傭專業律師提供法律支持。盡管法律訴訟可能耗費時間和精力，但它是一種保障權益的手段。

除了以上方法，我們還可以考慮購買特殊的商業險種，如營運車輛停運費用保險。這類保險通常會覆蓋車輛停運期間的經濟損失，包括誤工費、維修費用、貨物損失等。雖然購買這些保險會增加成本，但也能夠為我們提供更全面的保障。