南京不同的地鐵線路最早的運行時間是不一樣的。一般來說是從早晨到5:40~6:00之間就會發出首班車。比如南京地鐵1號線邁皋橋站，就是早晨的5:42。而地鐵2號線、地鐵3號線，早晨的第1班車都是6點發車。

乘客們在乘坐南京地鐵的時候，可以先登錄南京地鐵集團官網，在上面是有每趟地鐵線路具體的列車發車時刻表，可以根據上面的時刻表來確定自己所乘坐的地鐵具體的發車時間，然后再發車時間之前到達車站乘車即可。

南京現在地鐵的總里程數已經達到了427.1千米，覆蓋了南京全市的11個不同的市行政轄區，建立了比較完善的地鐵網絡，而且南京還開通了句容市的地鐵網絡，是中國第1個區縣全部開通地鐵的城市。

南京地鐵的客流量隨著地鐵線路的不斷延伸，以及出行市民對這種公共交通工具越來越現在記錄也在不斷的刷新。2020年的12月31日，單日的客流量紀錄達到了421.9萬人次，創造了單日客流最高值。

南京是中國內地第6個擁有了地鐵的城市，南京最早是在2005年開通了地鐵第1條地鐵，是南京地鐵1號線。南京地鐵的快速發展有效的緩解了這座城市的公共交通壓力，改善了城市的客運格局，提升了各個地區旅游景點的交通功能。