大眾桑塔納3000配備了01N型自動變速器，該款變速器是一種4速全電控自動變速器，其液力變矩器具有鎖止功能，01N型自動變速器結構緊湊、布局合理且傳動效率高。變速器的殼體為整體式，內部結構包括行星齒輪、閥體、離合器及制動器等。

該變速箱由于年代久遠，變速箱已經停產了，價格方面現在二手的桑塔納3000自動變速箱大概要2000多，手動變速箱一般在幾百左右，所以只能挑個狀況好點的二手變速箱了。