自動啟停有必要關閉，雖說自動啟停可以幫助省油、減少操作，但其有些弊端還是比較不太討人喜歡的。

1、蓄電池與起動機維護成本較高

頻繁的啟停發動機，會對相關部件，如起動機和蓄電池造成損害。雖然帶有自動啟停系統的車都會采用增強型啟動機和蓄電池，但實際使用中，它們的故障都會高于未搭載自動啟停系統的普通車輛。

2、用戶體驗較差

各個品牌的不同車型，自動啟停系統的設計也不同。一些車型的啟停邏輯不是很好，介入時間拿捏不準，有時候長時間停車啟停系統沒有動作，而在收費站刷卡時輕輕一腳剎車卻讓它不請自來。另外，啟動時噪音和震動較大，也是乘坐者最為詬病的一項缺點。

3、堵車更費油

如果遇上嚴重堵車，發動機停止工作的時間較長，燃燒室溫度降低，未完全燃燒的碳氫氧化物和石蠟會形成積碳附著在氣缸內壁。如果油品不好，情況會更嚴重。積碳會令油耗變高、動力變弱，本是為降低油耗設計的自動啟停功能，反倒增加了油耗。

除非修改車輛電腦程序，否則自動啟停無法永久關閉，一般配有自動啟停系統的車輛都是默認開啟自動啟停功能的，想要關閉系統也是可以的，車主可以直接按下自動啟停的按鈕（一般是環形的箭頭包含字母A），儀表臺會提示你系統關閉，如果想要再次使用此功能，則重新按下按鍵進行開啟。