奧迪A6L后備箱寬1040mm，高500mm，進深1130mm，容積為460L。雖然這樣的數據在同級車型里面并不突出，后排座椅也不能放倒，但是A6L的后備箱格局十分規整。很顯然，名字里的L是L在了軸距上，因此后備箱尺寸并沒有改觀。不過對于奧迪來說，這點并不足以一提。

奧迪A6L打開行李箱可以通過按遙控鑰匙上的后備箱開啟按鈕，或者拉動駕駛員側車門中的開鎖按鈕，行李箱隨機就會解鎖彈起。當然，也可以通過行李箱蓋拉手上的開關打開。當車輛被上鎖后，按遙控鑰匙上的后備箱開啟按鈕可以單獨給后備箱解鎖，再次關上后備箱蓋，那么它就會自動上鎖。

看過很多電影都知道，很多黑社會都是開著奧迪去綁票。如果不幸被綁了也不要著急，貼心的奧迪早就預料的這一情況發生，于是在后備箱蓋處設置了應急開鎖。挑開后備箱蓋鎖出的蓋子，找個東西查到圓形凹陷內，將開鎖杠桿壓向一旁，行李箱蓋就開鎖了。