科目二學時審核需經過機審和人工終審兩個步驟。機審主要是對學員提交的學時信息進行自動化審核，比如學時是否滿足要求、是否重復等。

之后，經過機審通過的學時才會進入人工終審環節。在人工終審階段，工作人員需要仔細地核實學員提交的學時，包括上課時間、教練簽字、培訓機構等等，確保學時真實有效。

其次，科目二學時審核可能存在的問題有多種。一方面，如果學員同時參加了多個科目的培訓或學習，容易導致學時無效。

例如，同一天既參加科目一的理論學習，又參加科目二的交叉學習，就可能出現學時無效的情況。

此外，照片與本人不符也是一個常見的審核問題。有的學員因為拍攝角度、姿態或化妝程度等原因，導致照片與報名時的照片差異過大，被系統認定為非同一人，從而影響了學時的審核結果。