南京3號地鐵站的站點有林場站、星火路站、東大成賢學院站、泰馮路站、天潤城站、柳洲東路站、上元門站、五塘廣場站、小市站、南京站以及南京林業大學新莊站，還有雞鳴寺站、浮橋站、大行宮站、常府街站、夫子廟站、武定門站、雨花門站、卡子門站、大明路站、明發廣場站、南京南站、宏運大道站、勝太西路站、天元西路站、九龍湖站、誠信大道站、東大九龍湖校區站、秣周東路站。

南京的3號地鐵是南京所開通的第6條現在正在運行的地鐵線路，這條線路的標志顏色是薄荷綠色。該線路途經浦口區、鼓樓區、玄武區、秦淮區、雨花臺區以及江寧區。線路北邊是從江北新區的林場站發出，穿越了南京的主城區，一路向南，最終到達秣周東路站。

整個的南京3號地鐵全長有44.9千米，其中包含了地下線路42.5千米，高架線路是有2.4千米。沿途一共設置了29座車站，其中28座車站是屬于地下形式的，還有一座則是屬于高架車站。

南京地鐵3號線使用的是大小交路混跑的模式。其中大交路是從林場站出發一直到秣周東路站，單次的運營時間大概是有72分鐘。而小交路則是從林場站到勝太西路站，單次運營的時間大概是有57分鐘。