奧迪A6L采用分區空調，可以在中控空調面板以及MMI顯示屏中進行設置。當車輛在陽光下曬得很熱時，可以使用空調系統迅速降低車內溫度。空調系統也可以以ECON模式運行從而節省燃油。

奧迪A6L空調系統界面如下所示：

1.駕駛員座椅加熱

2.駕駛員座椅通風

3.駕駛側冷暖風切換/溫度調節旋鈕

4.AUTO空調模式

5.前擋風玻璃除霜

6.空調分區控制開關

7.壓縮機開關

8.鼓風機開關

9.關閉空調

10.出風模式選擇

11.內外循環切換開關

12.后擋風玻璃除霜

13.副駕駛側冷暖風切換/溫度調節旋鈕

14.副駕駛座椅加熱

15.副駕駛座椅通風

奧迪A6L空調系統在自動模式下會保持在所設定的溫度。出風溫度、鼓風機風量和氣流分配都會自動改變無需手動調整。因此，在自動模式下可以隨時為乘客提供最舒適的車內環境。即使在春秋季節氣候適宜的情況下，空調系統也能保持車內的空氣清潔。