本田冠道不同配置車型搭配有CVT變速箱以及9擋手自一體變速箱。其中1.5T車型都是CVT變速箱，使用的是換擋桿；而2.0T版本全部都是9擋手自一體變速箱，使用的是按鈕換擋。不論是1.5T車型還是2.0T車型，變速箱都有P、R、N、D四個基本檔位。

冠道根據行駛需要切換檔位，儀表信息顯示屏會顯示當前所處的檔位。其中P擋是駐車擋，在停車或啟動發動機時使用；R擋是倒車檔，在倒車時使用；N擋是空擋，在怠速時使用；D擋是駕駛擋，在自動駕駛模式下，變速箱根據實際情況換擋，在手動模式下，需要使用方向盤上的撥片換擋。

此外，冠道的變速器還有自動切換到P擋的保護設定，當駕駛員車門打開，發動機運行且車輛靜止或以低于2km/h的速度移動時，檔位會自動切換至P擋；當駕駛員車門打開，變速箱處于P擋以外的位置時，檔位會自動切換至P擋。