根據不同地區和具體情況，高速上因為堵車超時是否會被罰款存在一些差異。

以廣東省和江蘇省為例，如果排隊繳費的車輛累計長度超過200米仍無法通行，在這種情況下可以免費放行；而在上海市，則要求排隊長度超過1000米時才能采取免費放行措施。但是需要注意的是，這些規定并不適用于所有地區，實際操作中需要綜合考慮具體情況作出決策。

除此之外，當車輛排隊連續到達收費站免費放行界限時，應該采取相應的放行措施。如果依然沒有進行放行，車主可以拍攝證據要求退還通行費用。同時，在遇到高速公路擁堵等緊急情況時，可以撥打12122或122報警電話尋求幫助或舉報。

然而，遇到堵車時應盡量避免停放在應急車道上，否則將面臨罰款200元并扣6分的處罰。

事實上，高速公路上的應急車道只有在緊急情況下才能使用。如果車輛出現故障或駕駛員突發疾病等情況，需要立即報警并開啟危險警告燈，并將車駛離道路圍欄以外，然后在距離車輛150米到200米處放置一個三角形警示牌。

這樣才能確保安全，并避免給其他車輛和緊急救援工作帶來負面影響。

綜上所述，雖然不同地區處理超時堵車問題的方式存在差異，但在高速公路上，保持安全是最重要的。