寶駿560有5/6速手動變速箱、AMT變速箱和DCT雙離合變速箱。其中手動變速箱和ANT變速箱來自日本愛信公司，DCT變速箱為通用公司自有技術。560這臺代號DCT 360的雙離合變速箱，除了是濕式離合器之外，另一個參數也非常惹眼，就是它高達360Nm的可承受扭矩，遠遠超過560發動機230Nm的最大扭矩，可以說這臺變速箱的性能在560上嚴重過剩。

但是該款變速箱存在著安全隱患，在2016年，上汽通用五菱就進行過召回，召回的是2016年1月5日至2016年7月13日期間生產的部分2016款寶駿560汽車，共計12485輛。

而具體的隱患故障為其變速箱傳感器線束接插件端子在特定條件下可能接觸不良，極端情況下變速箱控制模塊（TCM）故障燈點亮，車輛進入空檔行駛。

2017年，上汽通用五菱再次就變速箱問題召回部分2017款寶駿560，此次召回的原因則是由于發動機控制模塊（ECU）軟件標定原因，可能引起變速器離合減震彈簧滑塊受異常沖擊，極端情況下車輛動力輸出中斷。

可以看到，兩次召回盡管原因不同，但導致的結果都是失去動力，對于正在路上行駛的車輛來說，存在著極大的風險。2020年的315晚會上，寶駿560的變速箱故障問題就被點名。

除此之外，還有兩個信息點值得注意，560的DCT變速箱之前在榮威RX5、i6等車型上已經有過應用，這一部分的車型是否也存在問題，也是需要調查清楚。