通行費發票指的是有關單位依法收取或依規定設立并收取的過路、過橋和過閘費用，當收取的費用是屬于經營性質，就是應稅項目，那么就需要開具發票，支付方也需要根據發票入賬。

通行費發票抵扣就包括了道路通行費，橋、閘通行費兩種。道路通行費是指納稅人按照收費公路通行費增值稅電子普通發票上注明的增值稅額抵扣進項稅額。其發票的左上角標志有“通行費”的字樣，并且在稅率欄那里也有顯示適用稅率或征收率，那么在使用此發票抵扣時，就需要在增值稅發票綜合服務平臺勾選抵扣確認，即可在收費時抵扣相應的進項稅額。

橋、閘通行費是指納稅人支付的橋、閘通行費，暫憑取得的通行費發票上注明的收費金額計算可抵扣的進項稅額。這種通行費發票是不需要向道路通行費那樣到綜合服務平臺勾選確認的，直接根據票面的計算抵扣稅額，其計算方式為橋、閘通行費可抵扣進項稅額=橋、閘通行費發票上注明的金額÷（1+5%）×5%。

通行費的電子發票具有兩種其中有一種是可以抵扣的，凡是在發票的左上角標志“通行費”字樣，并且在稅率欄那里也有顯示適用稅率或征收率的通行費發票就可以抵扣，納稅人在拿到這種開頭抵扣的通行費電子發票時，根據發票上注明的抵扣稅額抵扣就可以了。還有一種通行費發票是不征稅發票，即在左上角標志沒有“通行費”的字樣，并且稅率欄次顯示“不征稅”的通行費電子發票。