與普通變速箱相比，手自一體變速箱的區別在于多出一個"M"擋，表示手動模式。在手動模式下，變速箱不再按照預設的邏輯和程序自動換擋，而是由駕駛員手動操作。駕駛員可以通過向前推桿來升擋，向后推桿來降擋，對于配備換擋撥片的車型，則可以使用右側撥片進行升檔，左側撥片進行減檔。與手動擋不同的是，這種變速箱在換擋時無需踩離合。

要切換到手動擋，只需將擋位調至"M擋"即可。在手動模式下，簡單地上下撥動換擋桿即可完成擋位的升降操作，而無需踩離合或剎車。這使得駕駛過程更加便捷和舒適。

手動擋模式最適用的情況之一是高速超車。尤其對于那些動力儲備不足或變速箱反應較遲鈍的自動擋車型來說，提前降檔可以快速獲得所需的動力，并且響應速度可以與手動擋相媲美。然而，在巡航模式下，車輛通常使用最高檔位以節省燃料，因此沒有必要切換到手動模式。