本田飛度依然搭載了1.5升自然吸氣發動機，并且全系只有這一種排量。不過與上代不同的是，該發動機應用到了本田的VTEC（可變氣門正時和升程電子控制系統）技術以及雙頂置凸輪軸結構（上代為單頂置凸輪）。通過改變凸輪軸的角度控制進氣量，再配合缸內直噴技術，控制燃油噴射量。從而達到高效動力輸出和低油耗的目的。數據方面，該發動機的最大功率為96kW，最大扭矩為155Nm。對比上代車型的數據，在最大功率和扭矩方面分別提升了16kW和10Nm。這樣的數據表現完全不輸于目前市面上一般1.8L發動機的動力表現。

傳動方面，這次新飛度除了最低配手動車型外，其余全部標配CVT變速箱，完全替代了上代車型的5AT。這款變速箱還帶有“S擋”運動模式和“L”低速模式，不過沒有配手動模式。在加速的平順性和油耗方面比5AT更加出色。