飛度搭載有兩款發動機，分別為L13B以及L15B。L15B2發動機采用了頂置雙凸輪軸的設計，在進氣凸輪軸配備氣門正時技術的同時還配置了氣門升程控制技術。也就是說，L15B2發動機能同時對進氣門進行正時和升程的調節。本田在L15B2上采用的則是有點另類的缸內直噴+自然進氣配置。由歧管噴射改為缸內直噴，一個直接的好處就是減少了歧管噴射帶來的壁膜損失（汽油附著在進氣歧管壁造成的損耗），同時也能實現更為精確的噴油控制（如通過多次噴射降低氣缸溫度、抑制爆震現象、提高能效）。L15B發動機的最大功率96kW/6600rpm，峰值扭矩為155N·m/4600rpm。日本網友實測的新飛度油耗在22km/L左右，也就是百公里油耗不到5L。新飛度1.5L混合動力車型的JC08油耗甚至達到36.4km/L，相當于百公里油耗2.75L。

老飛度上采用的L15A7發動機相比，新飛度上采用的L15B2發動機無論動力輸出還是燃油經濟性上都有了明顯的提升。而與國內其他正流行的1.0L小排量渦輪增壓發動機相比，L15B2也有著不小的優勢。L15B2發動機搭配全新Earth Dreams小型CVT變速箱組合是一套極為完美的城市代步車型動力總成。